Op deze zandlaag kwam dan een zanddepot met het gewicht van de toekomstige gebouwen. Zo werd het inklinken van de grond bevorderd. Het wachten was nu nog op het definitieve fortontwerp.
Om in de tussentijd toch iets te verbeteren aan de verdediging van Amsterdam werd in 1892 een plan bedacht om de zandlichamen in staat van verdediging te kunnen brengen. Dit stond bekend als het ‘Kleine Plan’.

Het profiel van de zandlichamen werd zo aangepast dat verdedigbare wallen en open geschutsopstellingen konden worden ingericht. In geval van oorlogsdreiging kon men veldgeschut plaatsen in de aarden beddingen. Zo ontstond een zogenaamd verdedigbaar aardwerk. Men moest daarbij die zandlichamen ongemoeid laten, die specifiek waren bedoeld om de grond voor zware gebouwen te laten inklinken.

Vanaf 1897, toen het standaardontwerp van de forten definitief was vastgesteld, begon men met de bouw van bomvrije gebouwen. Alleen het Fort in de Botshol en het Fort aan de Winkel bleven als verdedigbaar aardwerk bestaan. Met name het Fort in de Botshol biedt nog enigszins een beeld van een verdedigbaar aardwerk. 

Om tot overeenstemming over het beste fortontwerp te komen stelde de minister van Oorlog in 1887 het Permanent technisch Comité voor artillerie- en geniezaken in. Hierin kregen diverse militaire deskundigen zitting. De keuze van dit Comité voor een standaard fortontwerp ging niet zonder slag of stoot. De meningen liepen uiteen tussen de voorstanders van forten met en zonder zware artillerie en forten met en zonder kostbare pantserkoepels.

Uiteindelijk koos men voor een fortontwerp met een infanteriebezetting en bescheiden artilleristische taken. Zware artillerie (15 cm) zou verspreid worden opgesteld naast en achter de forten. Geschut op de forten werd ondergebracht in twee kleine hefkoepels (6 cm) voor de nabij verdediging en in twee keelkazematten (4 x 10 cm) voor het flankerend vuur.

Vanaf 1876, toen het Noordzeekanaal gereed was, werd over een fort bij IJmuiden aan de monding van het kanaal nagedacht. Het sluizencomplex bij IJmuiden was van strategisch belang. Vanaf hier kon een vijand ongehinderd opstomen naar Amsterdam. Na enkele verschillende ontwerpen koos men voor een fort met een pantsergallerij met vijf kanonnen van 24 cm aan de kustzijde en een pantserkoepel met twee kanonnen van 15 cm aan de kanaalzijde. Het fort kreeg drie bouwlagen, een bijzondere plattegrond in de vorm van een V, met de munitieopslag aan de binnenzijde en de manschappenruimtes aan de buitenzijde. Het werd tussen 1880 en 1887 gebouwd en uitgevoerd in brikkenbeton en metselwerk. Dit beton met een toeslag van bakstenen was een noviteit. Het fort viel onder het bevel van de commandant van de Stelling van Amsterdam, maar het moest indien nodig zelfstandig kunnen worden verdedigd.

Het tracé van de hoofdverdedigingslijn van de Stelling, dat in 1894 definitief was vastgesteld, maakte op veel plaatsen gebruik van bestaande dijken en waterlopen. Het Noordfront volgde ringvaarten en het Noord-Hollands Kanaal, het Westfront volgde De Liede en het Zuidoost front liep langs de veenriviertjes Waver en Winkel. Maar waar dat niet mogelijk was werden speciale liniewallen aangelegd, dwars door polders, die in de eerste plaats als keerkades dienden, maar die ook konden worden gebruikt voor het aanleggen van een gedekte weg.

De langste liniewallen die werden aangelegd liepen door de Haarlemmermeer (Geniedijk) en de Zuidwijkermeer. De beide polders waren nog maar enkele decennia drooggelegd. Beide wallen lopen kaarsrecht met slecht één knik door de polders. Om de waterhuishouding en de scheepvaart in vredestijd niet te hinderen doorsnijden de tochten en vaarten de wallen en zijn op die plekken damsluizen aangelegd. In de Geniedijk door de Haarlemmermeer zijn nevenbatterijen aangelegd.
Een andere opmerkelijk wal ligt ten westen van Spaarndam. Deze verbindt de forten Benoorden Spaarndam en Bezuiden Spaarndam. Ook in deze wal zijn nevenbatterijen aangelegd. Kleinere en lagere wallen zijn aangelegd door de Starnmeer naar het Fort Marken-Binnen, tussen het Fort aan den Ham en de St. Aagtendijk bij het Fort bij Veldhuis, tussen de Batterijen aan het Gein en het Fort bij Nigtevecht. In al deze wallen zijn nevenbatterijen aangelegd.

Op veel plaatsen maakte men gebruik van bestaande dijken zoals de ringdijken van de Beemster en de Zeevang. De Vuurlinie van De Kwakel tot Uithoorn is een oude dijk die werd uitgerust met aarden batterijen. Zelfs middeleeuwse dijken maakten deel uit van de hoofdverdedigingslijn, zoals de St. Aagtendijk, die loopt van Beverwijk tot het Fort bij Veldhuis. Hoewel men liever meer afstand tot het hoge duingebied had gehouden moest men wel gebruik maken van deze oude dijk, omdat die anders door de vijand benut kon worden. In deze dijk werd een nevenbatterij aangelegd en de er achterliggende oude Assendelverzeedijk werd ingericht als tweede linie. Deze werd uitgerust met twee kruitmagazijnen.